조세분쟁 법인세 관련




조세특례제한법과 시행령에 따르면 연구 및 인력개발 비용 중 기획재정부령으로 정하는 전담부서에서 근무하는 직원으로 기재부령이 정하는 자의 인건비에 대해서는 세액을 공제 해주도록 규정하고 있습니다. 이번 시간에는 이러한 법인세 관련 조세분쟁에 대해 판례로 살펴보겠습니다.

 


A사는 2년간 사업연도의 연구개발 전담부서 직원들에 대한 퇴직급여 충당금이 연구·인력개발비와 관련이 있는 만큼 세액공제 대상이라고 주장했지만 세무서는 인정하지 않자 소송을 제기 했습니다.

 

1심과 항소심에서는 인건비의 경우 명칭을 불문하고 사용인에게 근로에 대한 대가로 유상으로 지출한 일체의 것이라며 퇴직급여충당금으로 퇴직금이 지급되는 것이므로 퇴직급여충당금에 대해 과세특례규정을 적용하더라도 입법 취지에 반하지 않는다고 판단했습니다. 그러나 대법원은 다른 판결을 내렸는데요.

 


대법원 재판부는 조세분쟁 사건에 대해 연구, 인력개발비 세액공제 제도는 기업의 기술인력개발을 장려하려는 목적에서 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는데 취지가 있다는 점을 강조했습니다. 그러면서 해당 과세연도의 연구 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용만을 세액공제 대상으로 삼아야 한다고 보았는데요.


 


또한 퇴직금과 같이 장기간의 근속기간을 고려해 일시에 지급하는 성격의 비용으로 근로계약이 종료되는 때 비로소 그 지급의무가 발생하는 후불적 임금은 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하는 비용이라고 볼 수 없다고 덧붙였습니다. 



대법원은 ㈜A사가 연구개발 전담부서 직원들에 대한 퇴직급여충당금 100억원을 세액공제 대상에 포함해달라고 하며 세무서장을 상대로 낸 법인세 경정청구 거부처분 취소소송 상고심에서 원고승소 판결한 원심을 깨고 사건을 돌려보냈습니다.

 

지금까지 조세분쟁 관련 판례를 살펴보았습니다. 이러한 법인세 관련 조세분쟁의 경우 이해관계가 직결되어 있는 경우가 많고 복잡하므로 관련 법률가인 이준근변호사의 조력을 받아 함께 해결하시는 것이 좋습니다



Posted by 이준근변호사